Prva sistemska naučno-istraživačka istraživanja iz biologije u jugoističnoj Srbiji počela su u XIX veku od strane dr. Save Petrovića lekara i botaničara. Njegova istraživanja su pretočena u kapidalna dela: Flora okoline Niša (1882) i Dodatak Flori okoline Niša (1885). Od tada pa do današnjih dana veliki broj biologa- istraživača privlači ovaj deo Srbije.
Biologija kao i ostale prirodno-matematičke nauke svoj razvoj, u Nišu, počinje 01. 09. 1948. godine Odlukom br. 52246 Ministarstva prosvete FNRJ o otvaranju Više pedagoške škole u Nišu u okviru nastavne Grupe biologija sa hemijom. Reorganizacijom škole 1967. godine biološko-hemijska grupa je transformisana u Grupu biologija sa poznavanjem prirode. 1971. godine Kulturno-prosvetno veće Skupštine NR Srbije donelo je odluku o ukidanju Više pedagoške škole u Nišu a samim tim i Grupe za biologiju sa poznavanjem prirode. Od osnivanja do ukidanja Više pedagoške škole na Grupi za biologiju i poznavanje prirode diplomiralo je 714 studenata. Ukidanje grupe za biologiju nije značilo i prekid razvoja biološke misli u Nišu. Nastavna i naučno-istraživačka delatnost biologa prelazi na Medicinski fakultet u Nišu (od osnivanja 1960. godine) a kasnije i na Tehnološki fakultet u Leskovcu. Odlukom Vlade Republike Srbije od 20. 09.1999. godine osniva se Prirodno-matematički fakultet u okviru koga i Odsek za biologiju sa ekologijom. Prvu generaciju studenta biologije na Odseku za biologiju sa ekologijom se upisuje školske 2000/01. Na početku školske 2000/01. godine Odsek je imao jednog nastavnika dr Novicu Ranđelovića, redovnog profesora u stalnom radnom odnosu, dva angažovana nastavnika dr Slobodana Gligorijevića, redovnog profesora PMF-a iz Prištine i dr Stevu Najmana, docenta sa Medicinskog fakulteta u Nišu i saradnike mr Vladimira Ranđelovića, Pericu Vasiljevića dipl. biologa, Tatjanu Mihajilov dipl. molekularnog biologa i fiziologa, a na početku letnjeg semestra i Marinu Jušković dipl. biologa. Danas Departman za biologiju i ekologiju ima 35 stalno zaposlenih (nastavnog i nenastavnog osoblja) i preko 20 istraživača angažovanih na projektima koji se realizuju na Departmanu.
Naučno istraživačka delatnost Departmana se obavlja kroz naučno- istraživačke projekte iz biologije, biomedicine, ekologije, zaštite prirode i biotehnologije što je valorizovano kroz veliki broj međunarodnih naučnih radova i monografija nastavnika, saradnika i istraživača. Departman je izdavač naučnog časopisa ”Biologica Nyssana” i suizdavač naučnog časopisa „Glasnik Antropološkog društva Srbije“.
Departman organizuje sve nivoe akademskih studija: osnovne(OAS), master(MAS) i doktorske (DS) kroz četiri akreditovana studijska programa.